鼻拭子和咽拭子区别主要在于留取标本位置、材质不一样，通常一样准确。咽拭子是在咽部，鼻拭子需要到鼻腔里，不是外鼻腔，是需要用比较长的拭子，缓缓旋转送到鼻腔深部，所以取材的部位不一样。鼻拭子情况特殊，材质比较软，便于通过鼻腔到达鼻腔深部，采取的过程可能会比咽拭子时间长。鼻拭子和咽拭子相比，鼻拭子会更加痛苦一些。由于咽拭子是通过棉签沾取咽喉部位的分泌物进行监测的，在此过程中，被检测者可能只会出现恶心呕吐的症状，而并不会出现其他明显的疼痛感。鼻拭子是将棉签插入鼻腔的深处沾取分泌物进行监测的，在整个过程中，患者会出现比较强烈的疼痛反应，并且这种疼痛感持续的时间比较久，甚至还可能会出现流鼻血的症状。
咽拭子标本包括两种，一种是鼻咽拭子，另一种是口咽拭子。从标本质量上，鼻咽拭子略优于口咽拭子，但从采样体验上，口咽拭子又优于鼻咽拭子。因此，不论是从医疗机构，还是大规模的区域性冠状病毒核酸检测，均未明确规定必须采集鼻咽拭子或口咽拭子，所以，口咽拭子还是”被”优先选择。由于各个核酸检测点的采样方式不一，有的“捅鼻子”采集鼻咽拭子，有的“捅喉咙”采集口咽拭子，还有的两种拭子都采集。影响核酸检测准确率的因素很多——除了采样部位、采样手法、被采样者配合度等与采样相关的因素外，还有很多与采样无关的因素，比如病毒载量，实验室检测手法等等，选择采样部位只是其中的一环。而同时采集口咽拭子和鼻咽拭子等多个样本，能够相对提高核酸检测准确率。
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